据《华尔街日报》周一晚间的报道，激进的反疫苗活动家、现任美国卫生部长罗伯特·F·肯尼迪(Jr.)因未能符合特朗普的反疫苗期望而受到不满。报告指出，特朗普对疫苗导致自闭症这一完全错误、彻底被驳斥的说法产生了执念。知情人士表示，特朗普希望自闭症疗法成为他的遗产的一部分，并认为削减儿童疫苗接种是确保这一成就的方式。因此，他对肯尼迪未能在削减联邦儿童疫苗建议或确认与这一神经发育障碍的关联上做得更多感到沮丧和失望。报道称，五月份，特朗普表达了他的失望，指责肯尼迪因为出现了“紧张症”，未能在担任国家最高卫生职位的同时推动他的反疫苗议程。六月份，特朗普在椭圆形办公室对肯尼迪发泄称他做得不够。肯尼迪对此批评感到震惊——如果其他公共卫生和医疗专家在场，他们可能也会如此。对专家来说，肯尼迪一直在努力削弱救命疫苗，在此过程中危害公共健康。一些显著的例子包括肯尼迪对一个关键疫苗咨询委员会的重组，他将其充斥着志同道合的反疫苗支持者。这些支持者随后随意地抛弃了针对乙肝疫苗出生剂的循证建议，以及针对麻疹、腮腺炎、风疹和水痘（带状疱疹）的联合疫苗MMRV。此外，肯尼迪还单独将美国儿童疫苗接种时间表修订为类似于拥有全民医疗保健的小国丹麦。他指示疾病控制与预防中心在一个特别致命的流感季节停止通过预付广告来推广季节性流感疫苗，并对CDC网站进行了编辑，错误地将疫苗与自闭症联系起来。