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通过<italic>体内</italic> iCLIP绘制的阿拉伯芥TUDOR STAPHYLOCOCCAL NUCLEASE1的高分辨率RNA相互作用图谱

Nature2026年8月12日 00:00

数据描述 开放获取 发布日期:2026年8月12日 科学数据(2026) 引用本文章 我们提供了该手稿的未编辑版本,以便提前访问其发现。在最终出版之前,手稿将经过进一步编辑。请注意,内容中可能存在影响内容的错误,所有法律免责声明均适用。摘要 RNA结合蛋白(RBP)是RNA生命周期的关键调节因子,对植物生理和发育产生广泛影响。它们的功能依赖于直接的RNA相互作用,使得识别<italic>体内</italic>靶标和结合模式对理解它们的调节作用至关重要。在这里,我们表征了阿拉伯芥(Arabidopsis thaliana)RNA结合蛋白TUDOR STAPHYLOCOCCAL NUCLEASE 1(TSN1)的RNA结合景观,TSN1以前曾被认为与植物中的应激颗粒形成有关。通过使用改进的单核苷酸分辨率交联和免疫沉淀(iCLIP2)方法,我们映射了TSN1在转录组中的结合位点,并识别了1,504个直接RNA靶标,主要为编码蛋白的转录本。基序分析揭示了三个富集的共识序列:一个富U的基序,一个富A的基序和一个富G/U的基序。靶集的功能注释表明,与代谢过程、光合作用以及与植物免疫反应相关的激素通路相关的转录本过度表现。这些数据提供了在标准无应激生长条件下TSN1的基础RNA相互组,作为高分辨率资源供社区使用。资助 本工作得到了德国学术交流服务(DAAD)对M.C.F的支持;国家科学技术研究委员会(CONICET)和布宜诺斯艾利斯大学(UBA)对M.C.F、M.J.I.和J.L.M.的支持,以及比勒费尔德大学对M.L.、D.S.和J.L.M.的支持。开放获取资金由Projekt DEAL提供和组织。作者信息 作者及其隶属单位 布宜诺斯艾利斯大学,确切与自然科学学院,布宜诺斯艾利斯,C1428EGA,阿根廷 María Clara Fontana、María José Iglesias和Julieta Lisa Mateos CONICET-布宜诺斯艾利斯大学,生理学、分子生物学和神经科学研究所,布宜诺斯艾利斯,C1428EGA,阿根廷 María Clara Fontana、María José Iglesias、Dorothee Staiger和Julieta Lisa Mateos RNA生物学与分子生理学,生物学院,比勒费尔德大学,33615,比勒费尔德,德国 Martin Lewinski和Julieta Lisa Mateos 作者 María Clara Fontana Martin Lewinski María José Iglesias Dorothee Staiger Julieta Lisa Mateos 通讯作者 联系Julieta Lisa Mateos。伦理声明 竞争利益 作者声明没有竞争利益。附加信息 发布者注 壳牌自然出版社在发布的地图和机构隶属关系方面保持中立。权利与许可 开放获取 本文章在知识共享署名4.0国际许可证下授权,允许在任何媒介或格式中使用、共享、改编、分发和复制,只要您对原作者(或作者)和来源给予适当的信用,提供知识共享许可证的链接,并指明是否进行了更改。本文章中的图像或其他第三方材料包含在文章的知识共享许可证中,除非在材料的信用行中另行指明。如果材料未包含在文章的知识共享许可证中,并且您的预期用途未被法律法规允许或超出了允许的使用范围,您将需要直接从版权持有人处获得许可。要查看此许可证的副本,请访问http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/。重印和许可 关于本文章 引用本文章 Fontana, M.C., Lewinski, M., Iglesias, M.J.等。通过<italic>体内</italic> iCLIP绘制的阿拉伯芥TUDOR STAPHYLOCOCCAL NUCLEASE1的高分辨率RNA相互作用图谱。科学数据(2026)。https://doi.org/10.1038/s41597-026-08094-2 收件日期:2026年2月9日 接受日期:2026年8月10日 发布日期:2026年8月12日 DOI:https://doi.org/10.1038/s41597-026-08094-2

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