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肠道干细胞通过计数自我更新分裂来切换多能性

Nature2026年7月29日 00:00

数据可用性 本文中报告的原始CUT&Tag序列数据已存放在中国科学院北京基因组研究所国家基因组数据中心的基因组序列档案(GSA)中(GSA: CRA039417)。本研究使用了以下公共数据:果蝇基因组组装dm6(UCSC基因组浏览器:https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgGateway?db=dm6)和Su(H) DamID(GEO: GSM3756569)。源数据与本文一同提供。代码可用性 本研究中生成的自定义代码通过Figshare存储库公开提供,包括分析CUT&Tag测序数据的管道(https://doi.org/10.6084/m9.figshare.29569391)、从克隆数据集中量化对称ISC分裂概率r的脚本(https://doi.org/10.6084/m9.figshare.31311136)、用于在概率对称分裂下模拟EEC生产的随机模拟框架(https://doi.org/10.6084/m9.figshare.31311127)和新EEC相对位置与克隆分布数据可视化的R脚本(https://doi.org/10.6084/m9.figshare.32617422)。参考文献 Carrelha, J.等。多能性造血干细胞层次相关的谱系限制命运。Nature 554, 106–111 (2018)。文章 ADS CAS PubMed Google Scholar Banjac, I.等。小鼠中的命运映射显示Lgr5 +肠道干细胞直接经历早期分泌分化。Dev. Cell 60, 1281–1289 (2025)。文章 CAS PubMed Google Scholar Ohlstein, B.和Spradling, A.成体果蝇后肠由多能干细胞维持。Nature 439, 470–474 (2006)。文章 ADS CAS PubMed Google Scholar Micchelli, C. A.和Perrimon, N.有证据表明干细胞存在于成体果蝇肠道上皮中。Nature 439, 475–479 (2006)。文章 ADS CAS PubMed Google Scholar Ohlstein, B.和Spradling, A.多能果蝇肠道干细胞通过差异Notch信号指定子细胞命运。Science 315, 988–992 (2007)。文章 ADS CAS PubMed Google Scholar Amcheslavsky, A., Jiang, J.和Ip, Y. T.组织损伤诱导的果蝇肠道干细胞分裂。Cell Stem Cell 4, 49–61 (2009)。文章 CAS PubMed PubMed Central Google Scholar Salle, J.等。内源性调节Numb对肠内分泌命运的影响。EMBO J. 36, 1928–1945 (2017)。文章 CAS PubMed PubMed Central Google Scholar Gao, P.等。在新皮层中的决定性祖细胞行为和单元生成神经元。Cell 159, 775–788 (2014)。文章 CAS PubMed PubMed Central Google Scholar Beumer, J.和Clevers, H.成年哺乳动物肠道中的细胞命运规格化和分化。Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 22, 39–53 (2021)。文章 CAS PubMed Google Scholar Jiang, H.等。细胞因子/Jak/Stat信号介导果蝇中肠道的再生和稳态。Cell 137, 1343–1355 (2009)。文章 ADS PubMed PubMed Central Google Scholar Biteau, B., Hochmuth, C. E.和Jasper, H.维持组织稳态:对体细干细胞活动的动态控制。Cell Stem Cell 9, 402–411 (2011)。文章 CAS PubMed PubMed Central Google Scholar Josserand, M.等。在果蝇肠道谱系中的染色质状态转变识别细胞类型规格化原则。Dev. Cell 58, 3048–3063 (2023)。文章 CAS PubMed Google Scholar Zhang, S.等。蜕皮肌肉分泌ecdysteroids以启动果蝇中的非对称肠道干细胞分裂。Dev. Cell 59, 125–140 (2024)。文章 CAS PubMed Google Scholar Wu, S.等。顶端-基底极性通过调节Prospero阈值精确确定肠道干细胞数量。Cell Rep. 42, 112093 (2023)。文章 CAS PubMed PubMed Central Google Scholar Guo, Z.和Ohlstein, B.干细胞调节。双向Notch信号调节果蝇肠道干细胞多能性。Science 350, aab0988 (2015)。文章 PubMed PubMed Central Google Scholar Chen, J.等。通过自刺激回路的瞬时Scute激活指导从自我更新肠道干细胞的肠内分泌细胞对的规范。Nat. Cell Biol. 20, 152–161 (2018)。文章 CAS PubMed Google Scholar Zeng, X.和Hou, S. X.成年果蝇后肠中的肠内分泌细胞是通过独特的前体从干细胞产生的。Development 142, 644–653 (2015)。文章 CAS PubMed PubMed Central Google Scholar Beehler-Evans, R.和Micchelli, C. A.中肠干细胞谱系中肠内分泌细胞多样性的生成。Development 142, 654–664 (2015)。文章 CAS PubMed PubMed Central Google Scholar Bardin, A. J., Perdigoto, C. N., Southall, T. D., Brand, A. H.和Schweisguth, F.果蝇肠道中干细胞维持的转录调控。Development 137, 705–714 (2010)。文章 CAS PubMed PubMed Central Google Scholar Antonello, Z. A., Reiff, T., Ballesta-Illan, E.和Dominguez, M.

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