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A <i>Streptomyces</i> megacluster 编码协同的生物素靶向抗生素

Nature2026年6月24日 00:00

数据可用性 本研究发现的数据可以在论文及其补充信息中获得,或已存放在指定的公共存储库中。Streptomyces sp. WAC05950 的全基因组序列可在 NCBI GenBank 中以获取号 RQJB00000000.1 查阅。用于扩展数据图 1 中分析的测序 Streptomyces 基因组可在 GenBank 中以生物项目 PRJNA1461987 查阅,获取号包括 GCA_057371075.1、GCA_057371055.1、GCA_057371035.1、GCA_057371015.1、GCA_057370995.1 和 GCA_057370965.1。在基因组挖掘、比较基因组学和系统发育分析中使用的公共可用的 Streptomyces 基因组组装来自 NCBI GenBank/RefSeq 数据库。本文生成的系统发育比对、DIAMOND 数据库和分析结果可在 Zenodo 70 上获得 (https://doi.org/10.5281/zenodo.19899453)。提供源数据以供 Figs. 1 – 4 和扩展数据 Figs. 5 – 10 使用。源数据与本文一起提供。代码可用性 用于提取 AciB 蛋白质序列、解析 DIAMOND 输出及生物合成基因簇分析的自定义 Python 脚本可在 Zenodo 70 上获得 (https://doi.org/10.5281/zenodo.19899453)。参考文献 Wiebach, V. 等。抗葡萄球菌的脂肪肽是由核糖体合成的脂肽。Nat. Chem. Biol. 14, 652–654 (2018)。Kayrouz, C. M., Zhang, Y., Pham, T. M. 和 Ju, K. S. 基因组挖掘揭示了磷酸氨基酸天然产物及磷酸合成的新途径。ACS Chem. Biol. 15, 1921–1929 (2020)。Tang, X. 等。通过目标导向基因组挖掘识别硫羧酸抗生素生物合成途径。ACS Chem. Biol. 10, 2841–2849 (2015)。Culp, E. J. 等。进化引导的抗生素发现抑制肽聚糖重塑。Nature 578, 582–587 (2020)。Culp, E. J. 等。ClpP 抑制剂是由广泛存在的细菌基因簇产生的。Nat. Microbiol. 7, 451–462 (2022)。Li, C. 等。发现由 Lentzea flaviverrucosa DSM 44664 生物合成超簇编码的非凡二聚体哌嗪环肽。Proc. Natl Acad. Sci. USA 119, e2117941119 (2022)。Morshed, M. T. 等。来自 Streptomyces sp. 的氯代代谢物突出了生物合成马赛克和超簇在化学多样性演化中的作用。Org. Biomol. Chem. 19, 6147–6159 (2021)。Meyer, K. J. 和 Nodwell, J. R. 环境细菌共产生的协同抗微生物剂的生物学和应用。Nat. Microbiol. 6, 1118–1128 (2021)。Chen, X. 和 Li, B. 共定位生物合成基因簇的分析识别膜透过性天然产物。J. Nat. Prod. 87, 1694–1703 (2024)。Alanjary, M. 和 Medema, M. H. 挖掘细菌基因组以揭示秘密协同作用。J. Biol. Chem. 293, 19996–19997 (2018)。Mrak, P. 等。发现 Streptomyces rapamycinicus 中的阿克丁酸途径揭示了与雷帕霉素基因遗传保守性协同作用。J. Biol. Chem. 293, 19982–19995 (2018)。Padhi, C. 等。湖微生物垫的宏基因组研究揭示了来自核心微生物组成员的抑制蛋白酶的抗病毒肽。Proc. Natl Acad. Sci. USA 121, e2409026121 (2024)。Brown, E. D. 和 Wright, G. D. 抗菌药物发现与抗药性时代。Nature 529, 336–343 (2016)。Newman, D. J. 和 Cragg, G. M. 天然产物作为新药的来源,历时近四十年,自1981年1月到2019年9月。J. Nat. Prod. 83, 770–803 (2020)。Atanasov, A. G., Zotchev, S. B., Dirsch, V. M., 国际天然产品科学工作组和 Supuran, C. T. 天然产品在药物发现中的进展与机会。Nat. Rev. Drug Discov. 20, 200–216 (2021)。Mann, S. 等。amiclenomycin 抑制生物素生物合成途径中的二氨基戊烯酸转氨酶的机制研究。Helv. Chim. Acta 86, 3836–3850 (2003)。Poetsch, M., Zahner, H., Werner, R. G., Kern, A. 和 Jung, G. 微生物代谢产物。230。amiclenomycin-肽,生物素的新抗代谢物。分类学、发酵和生物特性。J. Antibiot. 38, 312–320 (1985)。Bockman, M. R. 等。研究 (S)-(–)-带酸霉素:一种选择性抗分枝杆菌的天然产物,它抑制生物素合成酶。

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