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感觉预测的小脑样电路的连结组分析

Nature2026年9月2日 00:00

数据可用性 原始数据和/或电镜数据集的分割结果可在可浏览和API可访问的(预计算)格式中获得(https://github.com/google/neuroglancer)。此项目的专用网页(http://efish-public.storage.googleapis.com/index.html)提供了电镜数据集中每个组件的公共Google存储地址。处理过的数据和出版结果重现所需的支持文件存放在公共Zenodo仓库中(https://doi.org/10.5281/zenodo.19892261)。该仓库包含所有处理过的连结组学数据、生成的建模数据、电脉冲生理学数据及未曾出版的支持文件。本文所提供的源数据可以使用。 代码可用性 此项目的专用网页(http://efish-public.storage.googleapis.com/index.html)提供了分析分割、聚合和校对后的电镜数据集所使用的所有代码(用Python编写,v.3.8及以上)及本研究中模型实现所需的全部代码(用Matlab 2024b编写,MathWorks)。所有未曾出版的代码(及其文档)可从GitHub获取(https://github.com/neurologic/efish_em_ELL),并在Zenodo中进行存档(https://doi.org/10.5281/zenodo.19892261)。此Zenodo归档包括用于数据集处理和分析的自定义Python代码和用于建模的自定义MATLAB代码。文本中引用了所有之前出版的代码。 参考文献 Marblestone, A. H., Wayne, G. & Kording, K. P. 朝着深度学习与神经科学的整合。Front Comput. Neurosci. 10, 94 (2016)。文章 PubMed PubMed Central Google Scholar Richards, B. A. et al. 神经科学的深度学习框架。Nat. Neurosci. 22, 1761–1770 (2019)。文章 CAS PubMed PubMed Central Google Scholar Abbott, L. F. & Nelson, S. B. 突触可塑性:驯服这个野兽。Nat. Neurosci. 3, 1178–1183 (2000)。文章 CAS PubMed Google Scholar Doya, K. 小脑、基底神经节和大脑皮层的计算内容是什么?Neural Netw. 12, 961–974 (1999)。文章 CAS PubMed Google Scholar Magee, J. C. & Grienberger, C. 突触可塑性的形式与功能。Annu. Rev. Neurosci. 43, 95–117 (2020)。文章 CAS PubMed Google Scholar Sawtell, N. B. 预测行为的感觉后果的神经机制:来自电感觉系统的见解。Annu. Rev. Physiol. 79, 381–399 (2017)。文章 CAS PubMed Google Scholar Bell, C., Bodznick, D., Montgomery, J. & Bastian, J. 在小脑样结构中生成和减去感觉期望。Brain Behav. Evol. 50, 17–31 (1997)。PubMed Google Scholar Muller, S. Z., Zadina, A. N., Abbott, L. F. & Sawtell, N. B. 电鱼多层网络中的持续学习。Cell 179, 1382–1392 (2019)。文章 CAS PubMed PubMed Central Google Scholar Muller, S. Z., Abbott, L. F. & Sawtell, N. B. 在小脑样电路中学习背后轴突和树突放电的差异控制机制。Curr. Biol. 33, 2657–2667 (2023)。文章 CAS PubMed PubMed Central Google Scholar Briggman, K. L., Helmstaedter, M. & Denk, W. 视网膜方向选择电路的接线特异性。Nature 471, 183–188 (2011)。文章 ADS CAS PubMed Google Scholar Hulse, B. K. et al. 果蝇中央复合体的连通组揭示了适合灵活导航和上下文依赖的行动选择的网络模式。eLife 10, e66039 (2021)。文章 PubMed PubMed Central Google Scholar Bell, C. C., Meek, J. & Yang, J. Y. 在莫尔米里脑电感受区识别细胞类型的免疫细胞化学。J. Comp. Neurol. 483, 124–142 (2005)。文章 PubMed Google Scholar Meek, J., Grant, K. & Bell, C. 莫尔米里脑电感受侧线叶的结构组织。J. Exp. Biol. 202, 1291–1300 (1999)。文章 CAS PubMed Google Scholar Kennedy, A. et al. 预测电鱼运动指令感觉后果的时间基础。Nat. Neurosci. 17, 416–422 (2014)。文章 CAS PubMed PubMed Central Google Scholar Enikolopov, A. G., Abbott, L. F. & Sawtell, N. B. 内生预测增强电鱼对感觉刺激的神经及行为检测。Neuron 99, 135–146.e3 (2018)。文章 CAS PubMed PubMed Central Google Scholar Bell, C. C., Caputi, A. & Grant, K. 形态学识别细胞在莫尔米里脑电感受区的生理与可塑性。J. Neurosci. 17, 6409–6423 (1997)。文章 CAS PubMed PubMed Central Google Scholar Grant, K. et al. 莫尔米里脑电感受侧线叶的投射神经元:形态学、免疫组织化学和突触学。J. Comp. Neurol. 375, 18–42 (1996)。文章 CAS PubMed Google Scholar Grant, K., Sugawara, S., Gomez, L., Han, V. Z. & Bell, C. C. 莫尔米里脑电感受区体外:细胞和电路的生理与药理学。J. Neurosci. 18

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