港口是最受干扰的海洋环境之一。垃圾、油和防污涂料中的毒素等污染物往往在封闭的港口中积聚。通过压载水到达的入侵物种可能取代本土野生动物，而船只螺旋桨、声纳和疏浚造成的噪音污染也不容小觑。