主要的蝙蝠（纲：翼手目）占已知哺乳动物物种的约20%，是哺乳动物中表型多样性最丰富的类群之一。自距今约6000万年前出现以来，许多蝙蝠谱系独立演化出多种多样的生活历史策略和表型特征，包括卓越的长寿、病毒耐受性和免疫保护机制。共同特征多次独立进化的系统是分析表型的遗传基础的强大资源。最大的蝙蝠属Myotis大约在3300万年前出现，包含139种以上的已描述物种，分布于6大洲和广泛的生态位。Myotis物种在哺乳动物中表现出最长寿命与最短寿命之间的极端差异，包括最长寿命物种（Brandt's bat, Myotis brandtii，寿命42年）与最短寿命物种（黑蝙蝠，Myotis nigricans，寿命7年）之间的六倍差异，它们的分化约在1060万年前。此外，Myotis物种代表了蝙蝠显著的免疫机制，使其能够耐受病毒和抵抗病原体，从而在作为关键的人畜共患病库方面发挥作用。图1：接近完整的参考组装揭示了九种近北极Myotis物种的多样结构变异景观。a，研究中近北极Myotis蝙蝠的系统发育，包括蝙蝠、牛、老鼠和人类的外群物种。树枝根据估计的长寿比率上色，观察到的寿命与预期寿命的比例。b，生成本研究样本的亚利桑那州和加利福尼亚州捕获地点的地图；每个点的颜色表示物种。c，组装中每条染色体的完成状态。旁边的百分比表示跨物种的T2T组装染色体的比例。d，各组装中所有染色体的完成状态，展示了上面所示物种的代表图像。对于c和d，‘完整（T2T）状态’表示染色体已完全组装T2T且没有间隙；‘草稿（T2T，有间隙）状态’表示染色体已完全架构，具有两个端粒，但在组装中有一个或多个间隙；‘不完整’状态表示染色体已被积极识别，但没有从端粒到端粒架构（仅包含一个端粒）。e，展示九种Myotis物种间染色体的同源性，表示同源区（灰色）、倒位（橙色）、易位（绿色）和重复（蓝色）。染色体V15（x轴）下方的红色条表示一个大约10 Mb的位点，其他Myotis物种中最近描述的基因渗入。f，M. velifer中的TEs（上）和片段重复（红色热图，底部）的分布。推测的着丝粒位置用虚线表示。g，M. velifer中TEs的整体基因组比例。h，M. velifer中基因组范围内的片段重复大小分布直方图。LINE，长散布核元素；LTR，长末端重复；RC，滚圈转座子；SINE，短散布核元素。图像来自iNaturalist：Juan Cruzado Cortés（M. californicus, M. volans, M. occultus, M. auriculus和M. thysanodes）在CC BY SA 4.0许可下；以及Marlo Perdicas（M. lucifugus）、Ansil B. R.（M. velifer）和Issac Krone（M. evotis）在CC BY 4.0许可下。为了研究Myotis如何演化出长寿和对传染病的抵抗，我们采用了从现场到功能基因组的综合方法，为八种Myotis物种组装接近完整的基因组序列，并利用原代细胞培养资源进行功能验证。我们识别出与RNA病毒耐受性和应激反应相关的基因拷贝数变异性，及一个关键免疫因子PKR的转物种拷贝数多态性。与人体和其他灵长类动物中由与RNA病毒的相互作用驱动的病毒适应相反，我们发现蝙蝠中病毒适应的模式在DNA病毒和RNA病毒之间存在差异。总之，我们的结果凸显了多效性适应对于Myotis蝙蝠的寿命和免疫表型的贡献。八个接近完整的Myotis基因组组装 我们从几种北美（近北极）物种中收集了皮肤样本并衍生原代细胞系，包括来自最长寿蝙蝠之一的M. lucifugus。利用这些细胞系和急冻组织，我们采用长读数PacBio HiFi测序和HiC支架组合，生成了八种物种的新的单倍型分辨的染色体级别基因组组装。这些基因组具有很高的连贯性和接近完整性，平均98.6%（98.1%–99%）的核苷酸被组装。