返回

文章详情

锥虫线粒体RNA编辑级联反应的结构基础

Nature2026年7月22日 00:00

数据可用性 材料可以根据请求提供。十个冷冻电镜图谱和两组原子坐标已存放在电子显微镜数据银行(EMDB)和PDB中。对于RECC1:PDB 9DEI(原子坐标),对应于EMD-46791(嵌合复合图),EMD-46785(全局共识图),EMD-46786(左翼集中细化图),EMD-46787(右翼集中细化图)和EMD-46789(尾部集中细化图)。对于RECC2:PDB 9Z0H(原子坐标),对应于EMD-73706(嵌合复合图),EMD-73703(全局共识图),EMD-73704(左翼集中细化图)和EMD-73705(右翼集中细化图)。对于RECC保守的tRNA结合区域:EMD-73707(tRNA集中细化图)。用于蛋白质鉴定的质谱数据集(LC–MS/MS)和DSSO交联(XL–MS)可在ProteomeXchange获取,登记号分别为PXD055091和PXD068847。T. brucei的RNA-seq数据集可在NCBI序列读取档案(SRA)中获取,登记号为PRJNA1081938(tRNA-seq和RNA-seq)、PRJNA1060865(CLAP-seq)和PRJNA1182928(L. tarentolae tRNA-seq)。本研究中使用的数据库:TriTrypDB: https://tritrypdb.org/tritrypdb 。本研究中使用的数据集: https://doi.org/10.6084/m9.figshare.16885363.v1; https://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/eukaryota/Lmajo2/; PDB 2NUG,7R97和5T16;以及GenBank M94286.1 。来源数据与本文一起提供。代码可用性 用于测序数据分析和可视化的脚本可在Gitee上获取(https://gitee.com/Zhanglab/tless-alignment-toolkit)。参考文献 Benne, R. 等。来自锥虫线粒体的帧移型coxII基因的主要转录本包含四个在DNA中未编码的核苷酸。Cell 46,819–826(1986)。 Blump, B., Bakalara, N. & Simpson, L. 动鞭毛虫线粒体RNA编辑的模型:从最大圈DNA转录的RNA分子提供编辑信息。Cell 60,189–198(1990)。 Seiwert, S. D., Heidmann, S. & Stuart, K. 体外直接观察尿嘧啶缺失,表明动鞭毛虫RNA编辑的机制。Cell 84,831–841(1996)。 Kable, M. L. 等。RNA编辑:gRNA指定的尿嘧啶插入到前体mRNA中的机制。Science 273,1189–1195(1996)。 Aphasizheva, I. & Aphasizhev, R. U插入/缺失mRNA编辑全酶:看到了定义。Trends Parasitol. 13,1078–1083(2015)。 Aphasizheva, I. 等。锥虫线粒体RNA处理的词汇和语法。Trends Parasitol. 36,337–355(2020)。 Blum, B. & Simpson, L. 在动鞭毛虫线粒体的引导RNA具有一种非编码的3'寡(U)尾,参与识别前编辑区域。Cell 62,391–397(1990)。 Blum, B. & Simpson, L. 在体外形成gRNA/mRNA嵌合分子的RNA编辑的初步步骤依赖于锚序列。Proc. Natl Acad. Sci. USA 89,11944–11948(1992)。 Liu, S. 等。锥虫RNA编辑中gRNA稳定性和mRNA识别的结构基础。Science 381,eadg4725(2023)。 Trotter, J. R. 等。在锥虫布鲁茨的缺失位点编辑内切酶。Mol. Cell 20,403–412(2005)。 Carnes, J. 等。锥虫布鲁茨中一种必需的RNase III插入编辑内切酶。Proc. Natl Acad. Sci. USA 102,16614–16619(2005)。 Panigrahi, A. K. 等。锥虫布鲁茨中组成和功能上不同的编辑体。RNA 12,1038–1049(2006)。 Carnes, J. 等。RNA编辑在锥虫布鲁茨中需要三种不同的编辑体。Mol. Cell. Biol. 28,122–130(2008)。 Carnes, J. 等。锥虫布鲁茨中与三种不同的编辑体相关的内切酶。J. Biol. Chem. 286,19320–19330(2011)。 Carnes, J. 等。锥虫布鲁茨编辑体内切酶的体内切割特异性。Nucleic Acids Res. 45,4667–4686(2017)。 Carnes, J. 等。锥虫布鲁茨中RNA编辑催化复合物的三种异源二聚体内切酶亚单位的结构预测和功能域。Nucleic Acids Res. 50,10123–10139(2022)。

赞助内容

NordVPN Next-gen Antivirus

本站免费、广告极少。如果觉得有帮助,可以请我们喝杯咖啡 —— 任何金额都对持续运营有实际帮助。

请我喝杯咖啡