无序蛋白的理性设计用于序列–功能研究
数据可用性 本文中用于图表和分析的数据和分析脚本可以在GitHub上找到(https://github.com/sukeniklab/GOOSE_2026 和 https://github.com/holehouse-lab/supportingdata/tree/master/2026/GOOSE_2026)。原始测序数据已存放在Zenodo(https://zenodo.org/records/18774462)。代码可用性 GOOSE是完全开源的,可以在GitHub上获取(https://github.com/idptools/goose/)。使用GOOSE的文档可在线访问(https://goose.readthedocs.io/en/latest/)。GOOSE的一部分功能可在两个Colab Notebook上使用。用于序列生成和变体设计,请使用以下Notebook: https://colab.research.google.com/drive/1U9B-TfoNEZbbjhPUG5lrMPS0JL0nDB3o?usp=sharing。用于创建具有特定同种或异种IDR–IDR相互作用的序列,请使用以下Notebook: https://colab.research.google.com/drive/1aJajo1IK66ApFSMwCCBumCZixlfshw7A?usp=sharing。参考文献 Holehouse, A. S. & Kragelund, B. B. 内源性无序蛋白区域的细胞功能的分子基础。Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 25, 187–211 (2024)。 文章 PubMed Google Scholar Albanese, K. I., Barbe, S., Tagami, S., Woolfson, D. N. & Schiex, T. 计算蛋白质设计。Nat. Rev. Methods Primers 5, 13 (2025)。 文章 Google Scholar Tesei, G., Pesce, F. & Lindorff-Larsen, K. 内源性无序蛋白的计算设计。Curr. Opin. Struct. Biol. 96, 103210 (2026)。 文章 PubMed Google Scholar Moses, D. et al. 无序蛋白中的结构偏差在细胞中普遍存在。Nat. Struct. Mol. Biol. 31, 283–292 (2024)。 文章 PubMed PubMed Central Google Scholar Das, R. K., Ruff, K. M. & Pappu, R. V. 将序列编码的信息与内源性无序蛋白的形态和功能联系起来。Curr. Opin. Struct. Biol. 32, 102–112 (2015)。 文章 PubMed PubMed Central Google Scholar Das, R. K. & Pappu, R. V. 内源性无序蛋白的构象受正负电荷残基的线性序列分布影响。Proc. Natl Acad. Sci. USA 110, 13392–13397 (2013)。 文章 ADS PubMed PubMed Central Google Scholar Staller, M. V. et al. 对内源性无序酸性转录激活域的高通量变异扫描。Cell Syst. 6, 444–455 (2018)。 文章 PubMed PubMed Central Google Scholar Pesce, F. et al. 设计具有多样结构特性的内源性无序蛋白变体。Sci. Adv. 10, eadm9926 (2024)。 文章 PubMed PubMed Central Google Scholar Zarin, T., Tsai, C. N., Nguyen Ba, A. N. & Moses, A. M. 选择维持高度分化的内源性无序区域的信号功能。Proc. Natl Acad. Sci. USA 114, E1450–E1459 (2017)。 文章 ADS PubMed PubMed Central Google Scholar Das, R. K., Huang, Y., Phillips, A. H., Kriwacki, R. W. & Pappu, R. V. 无序蛋白p27Kip1中隐秘序列特征调节细胞周期信号传导。Proc. Natl Acad. Sci. USA 113, 5616–5621 (2016)。 文章 ADS PubMed PubMed Central Google Scholar Holehouse, A. S., Das, R. K., Ahad, J. N., Richardson, M. O. G. & Pappu, R. V. CIDER:分析内源性无序蛋白序列-集合关系的资源。Biophys. J. 112, 16–21 (2017)。 文章 ADS PubMed PubMed Central Google Scholar Novak, B., Lotthammer, J. M., Emenecker, R. J. & Holehouse, A. S. 使用STARLING对无序蛋白集合的准确预测。Nature 652, 240–250 (2026)。 文章 PubMed PubMed Central Google Scholar González-Foutel, N. S. et al. 构象缓冲作用是内源性无序蛋白区域功能选择的基础。Nat. Struct. Mol. Biol. 29, 781–790 (2022)。 文章 PubMed PubMed Central Google Scholar Zeno, W. F. et al. 无序蛋白的膜弯曲感知的分子机制。J. Am. Chem. Soc. 141, 10361–10371 (2019)。 文章 ADS PubMed PubMed Central Google Scholar Halladin, D. K. et al. 无序蛋白通过革兰氏阳性细菌细胞壁的熵驱动迁移。Nat. Microbiol. 6, 1055–1065 (2021)。 文章 PubMed PubMed Central Google Scholar Berlow, R. B., Dyson, H. J. & Wright, P. E. 无序蛋白开关对缺氧反应的超灵敏终止。Nature 543, 447–451 (2017)。 文章 ADS PubMed PubMed Central Google Scholar Schuler, B., König, I., Soranno, A. & Nettels, D. 在细胞内和体外拥挤下对内源性无序蛋白的构象和动态的影响。Angew. Chem. Int. Ed. https://doi.org/10.1002/anie.202016804 (2021)。 Ruff, K. M. et al. 预测的内源性无序区域的分子语法,涵盖人类蛋白组。Cell 189, 323–342 (2025)。 Moses, D. et al. 揭示内源性无序蛋白对其化学环境的隐秘敏感性。J. Phys. Chem. Lett. 11, 10131–10136 (2020)。 文章 PubMed PubMed Central Google Scholar Marsh, J. A. & Forman-Kay, J. D. 序列
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