主要的DNA复制经常受到内源性和外源性损伤的挑战，这些损伤引起复制压力，这是基因组不稳定性和癌症的主要驱动因素。这些挑战包括各种DNA损伤、核苷酸供应受限和转录-复制冲突，阻碍叉的进展并需要保护性反应。复制时序与染色质组织密切相关，早期复制区域与开放染色质相关，而晚期复制区域富含异染色质。这种时空组织影响了对复制压力和基因组不稳定性的易感性。作为对压力的反应，细胞激活检查点通路以稳定停滞的复制叉，在那里新生DNA高度易受降解的影响。同时，当DNA复制叉受到挑战时，染色质发生动态重组。我们之前表明，组蛋白甲基转移酶G9a（由EHMT2编码）在受压力的复制叉处促进去新合成的H3K9甲基化，驱动局部染色质致密化并保护新生DNA免受易出错的聚合酶的影响，从而促进叉的重启。然而，这种局部染色质变化在更高阶基因组组织中是否起作用仍不清楚。在这里，我们展示了复制压力诱导ATR依赖的CTCF锚定和G9a介导的异染色质组装，以在受压力的叉处形成瞬态染色质环。这些结构形成了一种保护性结构框架，限制了核酸酶的接入并稳定了复制中间体。使用我们的单分子染色质纤维ChromStretch测定，我们之前展示了羟基脲（HU）诱导的（1 mM HU，1小时）叉停滞触发在新生DNA上的瞬态G9a依赖的去新合成H3K9me3沉积，在单个叉和复制气泡上，且一旦压力解除便迅速消失。为了确定这种反应是否保守，我们分析了暴露于各种复制压力源（0.2-1 mM HU，喜树碱（CPT），阿苯达唑（APH），顺铂）的细胞，观察到了在5-乙炔基-2′-脱氧尿苷（EdU）标记的复制位点上H3K9me3的共同积累，尽管程度不同。这表明一种普遍的、依赖复制压力的染色质反应。使用ChromStretch，我们观察到H3K9me3在新复制的、暴露于压力的区域广泛积累，表明此反应是全基因组性的，但严格依赖于复制。接下来，我们试图映射这些去新合成H3K9me3峰的基因组分布。随着1小时内用1 mM HU处理，超过94%的复制叉会发生叉停滞。