主要内容 婴儿肠道微生物组的建立和演变在早期免疫发展和后期健康结果中起着至关重要的作用。 在早期生活中，肠道微生物组从一个几乎没有生物的生态系统转变为一个复杂的微生物群落，这一过程受到宿主与环境因素之间相互作用的影响。 先前的研究主要集中在婴儿肠道微生物组发展的个体决定因素上，包括分娩方式、婴儿喂养方式、抗生素暴露、母体饮食和宠物接触等。然而，目前对多种产前、围产期和产后暴露共同塑造婴儿肠道微生物组发展过程的整体理解仍显不足。尤其是，关于母体暴露以及妊娠期间母体肠道微生物组在塑造婴儿肠道微生物组组成和健康结果中的作用的研究相对较少。此外，尽管母婴菌株共享是早期微生物传递的一个标志，但通过菌株解析的宏基因组学识别的母体来源和传播途径仍然不完全清楚。在这里，为了解决这些问题，我们分析了714对母婴样本，这些样本来自前瞻性的、深度表型的荷兰出生队列Lifelines NEXT（LLNEXT）。我们表征了妊娠和婴儿期的肠道微生物组动态，检查了与孕前、分娩、饮食和健康相关因素的关联，并调查了来自多个母体身体部位的母婴微生物菌株传播。在LLNEXT研究中母婴肠道微生物组 我们对714对母婴样本的肠道微生物组进行了纵向特征分析，分析了1,587个母体粪便样本、2,939个婴儿粪便样本以及474个临床、饮食和暴露变量，涵盖了十个时间点。此外，对于一部分母亲，我们还在分娩/出生时（n = 82）对阴道微生物组进行超深度测序（每个样本40千兆碱基），在产后1个月（n = 90）对母乳微生物组进行分析。我们还在产后前3个月收集的586个母乳样本中测量了24种人乳寡糖（HMOs）。所有队列描述性统计数据均在补充表3-15中提供。简单来说，母亲在分娩时的平均年龄为32岁（标准差=3.94），有45.1%（n=183）的母亲生下了她们的第一个婴儿（即，胎次为0）。大多数婴儿（92.7%，n=662）为足月生产，其中84.8%（n=585）为阴道分娩，22.5%（n=155）为在家出生。绝大多数婴儿（83.8%，n=430）在出生时进行了母乳喂养，49.7%（n=259）在3个月时进行母乳喂养，18.4%（n=42）在12个月时仍在进行母乳喂养。总共有12对双胞胎和18名在研究期间生育2个婴儿的母亲也被纳入研究。图1：队列概览和母婴肠道微生物组动态。a，母婴粪便样本、母乳、阴道拭子、问卷和医院记录的时间线和可用情况。本队列的描述性统计数据见附表3至15。b，母婴Shannon多样性的时间变化。P值来源于以P12（母亲）和2周大（婴儿）作为参考的双侧线性混合效应模型。***FDR < 0.0005；NS，无显著性（FDR > 0.05）；确切的P和FDR值见补充表16和18。c，d，针对母亲（c）和婴儿（d）样本的物种水平Aitchison距离的主坐标分析（PCoA）。（使用10,000次排列的PERMANOVA（限制在患者样本排列中），R2时间 = 0.77%，P < 1 × 10−4）。e，f，母亲（e）和婴儿（f）样本在连续时间点之间的距离计算的相关（12对双胞胎和18名兄弟姐妹）和不相关对。 *FDR < 0.05；确切的P和FDR值见附表20。在b-d中，每个点表示一个样本，样本大小（n）在每个时间点给出；颜色表示时间点。在c和d中，凸心的...