下一代癌症模型的来源和培养条件每个下一代模型的来源见补充表1。简而言之，乳腺癌类器官模型由A.V.L.、S.O.和D.L.S.的实验室衍生。大多数下一代中枢神经系统肿瘤模型由K.L.L.的实验室衍生。结直肠和食道-胃癌类器官模型由布罗德研究所癌症细胞系工厂的工作人员衍生。卵巢和子宫癌类器官模型由S.J.H.的实验室衍生。胰腺癌类器官模型由A.J.A.和S.R.的实验室衍生。前列腺癌类器官模型由H.B.和Y. Chen的实验室衍生。HCMI衍生的额外模型是通过美国典型培养物收藏（ATCC）获得的。模型确保未出现支原体污染（支原体PCR检测试剂盒；ABM，G238）并通过短串联重复（STR）分析（LabCorp）在扩增前得到认证。这些程序在扩增和筛选期间每月重复。类器官培养基根据每个模型提供的建议进行准备（补充表1）。条件培养基通过在含有10%血清的DMEM中培养产生WNT3A的L细胞（L Wnt-3A；ATCC，CRL-2647）和产生R-spondin-1的293T细胞（Cultrex R-spondin 1（RSPO1）细胞；Trevigen，3710-001-K）来制备。在细胞达到80%的融合度后，用PBS清洗一次，然后在含有100 mM HEPES、1%青霉素-链霉素和1% 100× Glutamax（Ad+++）的Advanced DMEM-F12培养基（Thermo Fisher，12634028）中继续孵育一周。然后收集、过滤并在-80 °C保存该培养的条件培养基，以供类器官培养使用。所有类器官最初在由75%生长因子减少的无酚红Matrigel（每个穹顶50 μl；Corning，356231）和与Ad+++按1:1稀释的推荐培养基组成的穹顶中生长。类器官的筛选在Matrigel穹顶培养中或在Matrigel涂层板上的粘附培养中进行（见下文“类器官的全基因组CRISPR筛选”部分）。下一代CNS模型在肿瘤干细胞培养基中生长，其成分见补充表1。在扩增期间定期收集条件培养基并保存以供后续培养。细胞以30%条件培养基和70%新鲜培养基的混合物进行播种。部分模型被测试了在Matrigel涂层板上生长的能力。简而言之，细胞被接种在涂有1% Matrigel的培养瓶中，与涂层粘附的细胞被视为粘附模型。未能附着于涂层板的模型则在超低附着（ULA）容器（Corning，3814）中作为球体生长。最初在涂有层粘连蛋白的板上衍生的模型则在相同条件下维持。涂层板时，需要将Matrigel或层粘连蛋白（Corning，354232）以1%的浓度在冰冷的PBS中稀释。将该溶液添加到培养容器中，体积大约为给定容器推荐培养基体积的一半（例如，T75培养瓶中加入5ml溶液）。培养瓶在37 °C下过夜孵育，随后在接种细胞之前立即吸尽溶液。每个模型的生长格式列在补充表1中。WGS和RNA-seq样本的准备为生成类器官的沉淀，首先吸走培养基，随后将Matrigel穹顶刮下并转移到20倍预热的TrypLE（Thermo Fisher，12604021）中，加入10 µM ROCK抑制剂（Peprotech，129830-38-2）。该混合物在37 °C下孵育30分钟。随后，通过离心收集细胞沉淀，重悬在培养基和Matrigel的混合物中，并以每个穹顶50,000个细胞的密度接种。经过1周的生长，在未使用ROCK抑制剂的情况下收集细胞沉淀进行WGS和RNA-seq。对于下一代CNS肿瘤模型，细胞被接种并传播7-14天，具体依据其生长情况，并在37 °C下用TrypLE处理5分钟进行解离。解离后，数细胞并收集1 × 10^6个细胞的沉淀，并提交进行WGS和RNA-seq。WGS分析所有DepMap下一代模型的WGS在布罗德研究所基因组平台使用无PCR人类WGS程序进行。简而言之，图书馆被构建并在Illumina NovaSeq 6000或NovaSeq X系统上按照30倍覆盖度进行测序，使用150个碱基对的末端配对读数。测序的FASTQ文件经过去复用、汇总并使用DRAGEN生殖系管道对齐以创建BAM文件。WGS结果的突变调用使用Mutect2（参考文献61）生成，随后进行了注释和过滤。详细策略描述在共享文档中（https://storage.googleapis.com/shared-portal-files/Tools/25Q3_Mutation_Pip）。