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刺激调节人脑中与基因相关的细胞集合

Nature2026年8月5日 00:00

数据可用性 所有原始的MEA snRNA-seq、snATAC-seq和IVS snRNA-seq数据已根据登记号GSE288939存入基因表达综合体(GEO)档案。本文中提供的数据可通过交互式Shiny应用程序进行访问,使用户可以详细探讨数据集,包括基因表达谱、降维和聚类结果、细胞类型注释、标记基因表达和其他特征。用户还可以直接从数据集中生成自定义可视化。这些应用程序包括来自MEA兴奋性、抑制性和非神经元细胞的数据:https://biocm-moore-etal-mea-multiome-subglia.share.connect.posit.cloud/ https://biocm-moore-etal-mea-multiome-inhneurons.share.connect.posit.cloud/ 和 https://biocm-moore-etal-mea-multiome-excneurons.share.connect.posit.cloud/ 。这些应用程序还包括来自IVS兴奋性、抑制性和非神经元细胞的数据:https://biocm-moore-etal-ivs-snrna.share.connect.posit.cloud/ , https://biocm-moore-etal-ivs-excneurons.share.connect.posit.cloud/ , https://biocm-moore-etal-ivs-inhneurons.share.connect.posit.cloud 和 https://biocm-moore-etal-ivs-subglia.share.connect.posit.cloud 。代码可用性 图形和补充表是使用R(v4.2.1)和Python(v3.8.20、v3.11.8、v3.11.10和v3.12.4)中的自定义脚本生成的。本研究中用于数据分析的代码可在GitHub上获得:https://github.com/BioinformaticsMUSC/Moore_etal_MEA/ 。参考文献 Kucewicz, M. T., Worrell, G. A. & Axmacher, N. 人类记忆的直接电刺激:经验教训和未来展望。大脑 146, 2214–2226 (2023)。文章 PubMed Google Scholar Ezzyat, Y. 等。闭环刺激颞叶皮层恢复功能网络并改善记忆。自然通讯 9, 365 (2018)。文章 ADS PubMed PubMed Central Google Scholar Kahana, M. J. 等。生物标志物引导的神经调节帮助创伤性脑损伤中的记忆。脑刺激 16, 1086–1093 (2023)。文章 PubMed Google Scholar Suthana, N. & Fried, I. 深脑刺激以增强学习和记忆。神经影像 85, 996–1002 (2014)。文章 PubMed Google Scholar Bick, S. K. & Eskandar, E. N. 恢复记忆的神经调节。神经外科聚焦 40, E5 (2016)。文章 PubMed Google Scholar Dougherty, D. D. 深脑刺激:临床应用。精神病学临床北美 41, 385–394 (2018)。文章 PubMed Google Scholar Widge, A. S. 在精神病学深脑刺激中闭合回路:生理学、心理测量学和可塑性。神经精神药理学 49, 138–149 (2024)。文章 PubMed Google Scholar Herrington, T. M., Cheng, J. J. & Eskandar, E. N. 深脑刺激的机制。神经生理学杂志 115, 19–38 (2016)。文章 PubMed Google Scholar Hebb, D. O. 行为的组织:神经心理学理论(Wiley, 1949)。Buzsáki, G. 神经语法:细胞集合、突触组和阅读器。神经元 68, 362–385 (2010)。文章 PubMed PubMed Central Google Scholar Yiu, A. P. 等。神经元根据训练前的相对神经兴奋性被招募到记忆痕迹中。神经元 83, 722–735 (2014)。文章 PubMed Google Scholar Zhou, Y. 等。CREB调节杏仁体中神经元的兴奋性和记忆分配。自然神经科学 12, 1438–1443 (2009)。文章 PubMed PubMed Central Google Scholar Santoni, G. 等。染色质的可塑性先决条件为记忆痕迹形成的神经元的资格。科学 385, eadg9982 (2024)。文章 PubMed Google Scholar van de Ven, G. M., Trouche, S., McNamara, C. G., Allen, K. & Dupret, D. 海马体离线重激活巩固最近形成的细胞集合模式。神经元 92, 968–974 (2016)。文章 PubMed PubMed Central Google Scholar Ikegaya, Y. 等。同步链和皮层歌曲:皮层活动的时间模块。科学 304, 559–564 (2004)。文章 ADS PubMed Google Scholar Yuste, R., Cossart, R. & Yaksi, E. 神经元集合:神经电路的基本构建块。神经元 112, 875–892 (2024)。文章 PubMed PubMed Central Google Scholar Umbach, G., Tan, R., Jacobs, J., Pfeiffer, B. E. & Lega, B. 功能神经元集合的灵活性支持人类记忆。自然通讯 13, 6162 (2022)。文章 ADS PubMed PubMed Central Google Scholar Tyssowski, K. M. 等。不同的神经活动模式诱导不同的基因表达程序。神经元 98, 530–546 (2018)。文章 PubMed PubMed Central Google Scholar Rial Verde, E. M., Lee-Osbourne, J., Worley, P. F., Malinow, R. & Cline, H. T. 即时早期基因Arc / Arg3.1的表达增加减少了AMPA受体介导的突觸傳遞。神经元 52, 461–474 (2006)。文章 PubMed PubMed Central Google Scholar Greenberg, M. E., Ziff, E. B. & Greene, L. A. 刺激神经元乙酰胆碱受体诱导快速的基因转录。科学 234, 80–83 (1986)。文章 ADS

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