数据可用性：scRNA-seq、scTCR-seq和总体RNA-seq数据可通过dbGaP门户获取：在队列1中，scRNA-seq和scTCR-seq数据的获取号为phs002252.v1.p1；总体RNA-seq数据的获取号为phs002252.v2.p1。在队列2中，P101–P110的所有原始数据的获取号为phs003710.v1.p1，而P111–P112的数据的获取号为phs003710.v2.p1。空间RNA-seq和TCR-seq数据可在Broad单细胞门户获取（https://singlecell.broadinstitute.org/single_cell/study/SCP3155），以及与扩展数据图9c、d、补充图8、9、12、13和18相关的珠级数据以及CA9选择的总体RNA-seq的RSEM输出。CD4+和CD8+ T细胞的ProjecTILs图谱可在Figshare（https://doi.org/10.6084/m9.figshare.21981536和https://doi.org/10.6084/m9.figshare.23608308）中获取。所有数据可根据合理请求从对应作者处获得。源数据已随本文提供。代码可用性：所有使用的包的代码，包括Seurat（v.4.1.0、v.4.3.0、v.4.4.0、v.5.0.1、v.5.2.1）、NetMHCPan4.1（用于结合预测）、ABSOLUTE（v.1.5）、RANN（v.2.6.2）、Harmony（v.1.2.3）、LIANA（v.0.1.13）、scanpy（v.1.9.3）、SeuratWrappers（v.0.3.5）和SCTransform（v.0.4.1），均可公开获得。用于执行TCR克隆类型分组的代码可在GitHub（https://github.com/kstromhaug/oliveira-stromhaug-melanoma-tcrs-phenotypes）上找到。其他用于单细胞、总体RNA和空间分析的代码可在GitHub（https://github.com/chloetutu/AfeyanNaglerTu_RCC/tree/main）上找到。参考文献：Hugaboom, M.B.等。第三淋巴结构和耗竭的组织驻留T细胞的存在决定肾细胞癌对PD-1阻滞的临床反应。《癌症发现》。https://doi.org/10.1158/2159-8290.CD-24-0991（2025年）。文章 PubMed PubMed Central Google Scholar Sautès-Fridman, C.、Petitprez, F.、Calderaro, J. 和Fridman, W.H.。癌症免疫疗法时代的第三淋巴结构。《自然评论：癌症》19, 307–325（2019年）。Khanal, S.、Wieland, A. 和Gunderson, A.J.。第三淋巴结构形成的机制：炎症与抗原性之间的合作。《免疫学前沿》。https://doi.org/10.3389/fimmu.2023.1267654（2023年）。Meylan, M. 等。第三淋巴结构在肾细胞癌中生成和传播抗肿瘤抗体产生的浆细胞。《免疫》55, 527–541（2022年）。文章 CAS PubMed Google Scholar Vanhersecke, L.等。成熟的第三淋巴结构预测固体肿瘤中免疫检查点抑制剂的有效性，与PD-L1表达无关。《自然：癌症》2, 794–802（2021年）。文章 CAS PubMed PubMed Central Google Scholar Silina, K.等。生发中心决定第三淋巴结构的预后相关性，并在肺鳞状细胞癌中受到皮质类固醇的影响。《癌症研究》78, 1308–1320（2018年）。文章 CAS PubMed Google Scholar Posch, F.等。第三淋巴结构的成熟与II和III期结肠癌的复发。《肿瘤免疫学》7, e1378844（2018年）。Jansen, C.S.等。肿瘤内小环境维持和分化类干细胞样CD8 T细胞。《自然》576, 465–470（2019年）。文章 ADS CAS PubMed PubMed Central Google Scholar Peng, Y.等。肿瘤浸润TCF1/TCF7 + T细胞的单细胞特征揭示了与第三淋巴结构/器官相关的T淋巴细胞亚群，在口腔癌中具有更好的预后。《口腔肿瘤》119, 105348（2021年）。文章 CAS PubMed Google Scholar Li, H.等。成熟的第三淋巴结构通过祖细胞耗竭CD4 + T细胞在头颈癌中引发肿瘤内T细胞和B细胞反应。《自然通讯》16, 4228（2025年）。文章 ADS CAS PubMed PubMed Central Google Scholar Eberhardt, C.S.等。头颈癌中功能性HPV特异性PD-1 + 类干细胞CD8 T细胞。《自然》597, 279–284（2021年）。文章 ADS CAS PubMed PubMed Central Google Scholar Im, S.J.等。慢性病毒感染和癌症中PD-1 + TCF1 + 类干细胞CD8 T细胞的特征和解剖位置。《美国国家科学院院刊》120, e2221985120（2023年）。文章 CAS PubMed PubMed Central Google Scholar Rooney, M.S., Shukla, S.A., Wu, C.J., Getz, G.及Hacohen, N.。与局部免疫细胞溶解活性相关的肿瘤的分子和遗传特性。《细胞》160, 48–61（2015年）。文章 ADS CAS PubMed PubMed Central Google Scholar Braun, D.A.等。肾细胞癌随着疾病阶段的进展而逐渐出现免疫功能缺损。《癌细胞》39, 632–648（2021年）。文章 CAS PubMed PubMed Central Google Scholar Meylan, M.等。早期肝脏病变显示不成熟的第三淋巴结构，并且免疫抑制和免疫抑制分子的表达升高。《临床癌症研究》26, 4381–4389（2020年）。文章 CAS PubMed Google Scholar Wang, Z.等。第三淋巴结构的空间和成熟异质性塑造了免疫微环境。