两种之前未知的人类亲属在当今人类身上留有DNA痕迹，为已经从尼安德特人和丹尼索瓦人那里继承的遗传遗产增添了另一层。这一发现加强了人类进化的逐渐观点，即这一过程是一段漫长的历史，涉及许多相关的人种之间的相遇和杂交。早期研究发现，智人（Homo sapiens）与古人类的混合超越了尼安德特人和丹尼索瓦人。现在，加州大学伯克利分校的研究人员已经确定了现代人类基因组中特定的区域，这些区域来自这些未被识别的祖先，并估计了杂交发生的时间。研究团队通过一种新方法进行了发现，该方法考察了数百个当今人类的基因组，并重建了它们DNA序列之间的古老谱系关系。所有人类共享的幽灵祖先研究人员所描述的其中一个未知组群，被称为幽灵祖先，于50000多年前与现代人在非洲进行了杂交。这一接触发生在智人最近一次大规模迁出非洲，进入欧洲和亚洲之前。从这一谱系继承的DNA约占现代人类基因组的1%，这一比例与从尼安德特人那里继承的比例相似。幽灵谱系在约80万年前与现代人类的祖先分开，接近尼安德特人和丹尼索瓦人分开的时候。然而，幽灵群体在尼安德特人和丹尼索瓦群体在非洲以外相遇之前就与现代人进行过基因交换。伯克利的研究生张玉林（Yulin Zhang），是该研究的两位第一作者之一，表示：“早期的文献曾提出可能存在幽灵祖先——即现代人类中来自未知古老谱系的祖先——但没有得出这一未知祖先是否仅在非洲人中存在，及这一混合事件何时发生的结论。我们实际上能够找到并绘制出现代人类中那些来源于幽灵谱系的基因组位置，并显示这种幽灵祖先存在于所有现代人类中，而不仅仅在非洲人中。”来自百万年前谱系的DNA研究人员还检测到了来自更古老的群体的遗传物质，他们称之为超级古老祖先。这一人类属于一个可追溯至约180万年前的谱系，并且似乎在大约20万年前与丹尼索瓦人在欧亚大陆上进行了混合。丹尼索瓦后来与智人混合，使得一小部分超级古老DNA进入现代人类的基因组。“超级古老的发现特别令人兴奋，因为它揭示了来自一百万多年前的人类谱系的遗传贡献，尽管没有来自该群体的任何已测序DNA，”约翰霍普金斯大学的博士后研究人员、该研究的共同第一作者阿尔君·比丹达（Arjun Biddanda）表示。总的来说，这些发现表明，早期的智人曾与非洲和欧亚大陆上众多相关人群共同生活，在过去的一百万年里。这些群体在基因上足够相似，能够一起繁殖，留下持久的生物遗迹。伯克利分子与细胞生物学副教授普里亚·穆尔贾尼（Priya Moorjani）表示：“通过尼安德特人和丹尼索瓦人的古DNA，以及这些新的谱系学方法，我们了解到人类群体之间的混合贯穿于时间长河，这种情况在古代时间尺度上也很可能成立。我们通常认为人类进化是一棵分支树，但新的基因组数据和分析方法揭示了一个更为相互关联的历史——更像是由重复的迁移和混合事件连接的复杂网络。”科学家们仍不知道幽灵和超级古老群体的身份。然而，他们与其他人类谱系分开时的估计日期与约80万年前生活在非洲的中更新世智人群体，以及约180万年前生活在欧亚的直立人群体相重叠。张、比丹达、穆尔贾尼及其同事在《科学》杂志上于7月30日在线公布了他们的发现。没有化石的古老DNA追踪大约在50000年前离开非洲的现代人类在欧亚遇到尼安德特人和丹尼索瓦人，与两者进行了杂交。尽管尼安德特人和丹尼索瓦人后来消失，他们的部分基因组依然保存在现代人类的后代中。科学家通过从尼安德特人和丹尼索瓦人化石中提取和测序保存的DNA，揭示了这种遗传。然而，生存者的基因组中也包含了更古老的杂交事件的迹象。这些信号难以调查，因为科学家们并没有从大多数其他已经灭绝的人类中获得测序DNA。为了克服这一限制，穆尔贾尼的团队创建了一种称为TRACE（通过ARG估计追踪古代贡献）的技术。该技术不依赖于古代遗骸，