人类糖鞘脂门控酶UGCG的灵长类特异性调控
数据可用性 本研究报告的八个UGCG结构的冷冻电子显微镜(cryo-EM)图谱和原子坐标已分别存储在电子显微镜数据银行和PDB中,具体登记号如下:apo UGCG,EMD-80823和PDB 26QF;与UDP-葡萄糖结合的UGCG,EMD-80832和PDB 26QS;与UDP结合的UGCG,EMD-80833和PDB 26QT;与UDP-葡萄糖和PS结合的UGCG,EMD-80829和PDB 26QM;与UDP和C6-神经酰胺结合的UGCG,EMD-80824和PDB 26QG;与miglustat结合的UGCG,EMD-80827和PDB 26QJ;与ibiglustat结合的UGCG,EMD-80826和PDB 26QI;与eliglustat结合的UGCG,EMD-80825和PDB 26QH。用于结构比较的绿藻病毒透明质酸合酶参考结构可通过PDB获取,登记号为7SP7。结构同源搜索是在PDB和AlphaFold数据库上进行的。对于分子动力学模拟,模拟输入文件,包括初始系统坐标、拓扑和力场文件、平衡配置文件和运行脚本,以及最终输出坐标文件,已在Zenodo上提供(https://doi.org/10.5281/zenodo.20809831)。对于序列数据来源:本研究分析的UGCG氨基酸序列来自NCBI蛋白质数据库。用于系统发育分析的物种的具体登记号如下:原始兽类:鸭嘴兽(Ornithorhynchus anatinus,XP_028909707.1)、针鼹(Tachyglossus aculeatus,XP_038626167.1);有胎盘动物:家鼠(Monodelphis domestica,XP_001365801.1)、南海岸小袋鼠(Notamacropus eugenii,XP_072454167.1)、考拉(Phascolarctos cinereus,XP_020828114.1)、袋熊(Vombatus ursinus,XP_027695337.1)、塔斯马尼亚恶魔(Sarcophilus harrisii,XP_003761468.2);非洲兽类:非洲象(Loxodonta africana,XP_003407853.1)、海牛(Trichechus manatus,XP_004372220.1)、土豚(Orycteropus afer,XP_007934906.1)、刺猬(Echinops telfairi,XP_012862260.1);异兽类:九带犰狳(Dasypus novemcinctus,XP_058158524.1);类拉氏兽:欧萌蜂(Erinaceus europaeus,XP_007529571.1)、大耳蝙蝠(Myotis lucifugus,XP_023609045.1)、马(Equus caballus,XP_001490953.3)、海豚/鲸(Tursiops truncatus,XP_073662506.1)、家犬(Canis lupus familiaris,NP_001165706.1)、家猫(Felis catus,XP_011286799.1)、穿山甲(Manis javanica,XP_017515964.1);真正果子狸:小鼠(Mus musculus,NP_035803.1)、兔子(Oryctolagus cuniculus,XP_069911685.1)、树鼩(Tupaia belangeri,ELW70583.1)、猕猴(Carlito syrichta,XP_008064016.1)、猕猴(Macaca mulatta,NP_001244652.1)和人类(Homo sapiens,NP_003349.1)。本文提供了源数据。参考文献:Simons, K. & Ikonen, E. 细胞膜中的功能筏。自然 387, 569–572 (1997)。文章 ADS CAS PubMed 谷歌学者 Simons, K. & Toomre, D. 脂筏和信号转导。自然评论.分子细胞生物学. 1, 31–39 (2000)。文章 CAS PubMed 谷歌学者 Hakomori, S. 糖鞘脂在细胞相互作用、分化和肿瘤发生中的作用。生物化学年鉴 50, 733–764 (1981)。文章 CAS PubMed 谷歌学者 Kasahara, K. & Sanai, Y. 糖鞘脂在脂筏信号转导中的功能角色。糖偶联.杂志 17, 153–162 (2000)。文章 CAS PubMed 谷歌学者 Merrill, A. H. Jr. 神经酰胺和糖神经酰胺代谢途径在神经酰胺组学时代的进展。化学评论 111, 6387–6422 (2011)。文章 CAS PubMed PubMed 中心 谷歌学者 Hannun, Y. A. & Obeid, L. M. 神经酰胺及其在生理和疾病中的代谢。自然评论.分子细胞生物学. 19, 175–191 (2018)。文章 CAS PubMed 谷歌学者 Platt, F. M. 清空储存:溶酶体疾病与治疗策略。自然评论.药物发现 17, 133–150 (2018)。文章 CAS PubMed 谷歌学者 Platt, F. M. 神经酰胺溶酶体储存疾病。自然 510, 68–75 (2014)。文章 ADS CAS PubMed 谷歌学者 Ichikawa, S., Sakiyama, H., Suzuki, G., Hidari, K. I. & Hirabayashi, Y. 表达克隆人类神经酰胺葡萄糖转移酶的cDNA,它催化糖鞘脂合成的第一个糖基化步骤。美国国家科学院院刊 93, 12654 (1996)。文章 ADS PubMed PubMed 中心 谷歌学者 Ichikawa, S. & Hirabayashi, Y. 葡萄糖神经酰胺合酶和糖鞘脂合成。细胞生物学趋势 8, 198–202 (1998)。文章 CAS PubMed 谷歌学者 Grabowski, G. A. 高渗透性疾病的表型、诊断和治疗。柳叶刀 372, 1263–1271 (2008)。文章 CAS PubMed 谷歌学者 Germain, D. P. 法布里病。孤儿网.罕见疾病. 5, 30 (2010)。文章 PubMed PubMed 中心 谷歌学者 Sidransky, E. et al. 帕金森病中β-葡萄糖脑苷酶突变的多中心分析。新英格兰医学杂志 361, 1651–1661 (2009)。文章 CAS PubMed PubMed 中心 谷歌学者 Mazzulli, J. R. et al. 高渗透性疾病的β-葡萄糖脑苷酶和α-突触核蛋白在突触病中形成双向致病循环。细胞 146, 37–52 (2011)。文章 CAS
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