数据可用性 本研究相关的详细信息、资源或试剂可向 Y. Lan 获取。 本研究生成的原始数据已存入人类基因组序列档案 (GSA-Human)，其编号为 HRA008193。 本研究的处理数据已存入 Figshare，网址为 https://doi.org/10.6084/m9.figshare.27004099 (参考文献 86)。 人类体外类胚单细胞参考数据集用于投影自 Array Express (E-MTAB-6819) 和基因表达综合数据库 (GEO) (GSE136447) 获取。 已发布的人类 CS7 胚胎单细胞数据可通过 Array Express 访问，其编号为 E-MTAB-9388。 本研究中重新分析的 CS7 胚胎空间转录组数据可从 GSA-Human 访问，编号为 HRA006197，而 CS8 空间转录组数据可通过 HRA005567 获得。 从 NCBI GEO 数据库下载的人类卵黄囊的单细胞数据，包含 CS11 至 CS17 阶段，编号为 GSE133345。 人类 CS10、CS11 和 CS15 胚胎的 10x scRNA-seq 数据可从 GEO 获取，编号为 GSE268143。猴子的胚胎发生和早期器官形成的 scRNA-seq 数据可从 GEO 获取，编号为 GSE193007。本研究中使用的小鼠胚胎单细胞数据集覆盖 E6.5 至 E8.5 阶段，编号为 E-MTAB-6967，E10.5 的小鼠胚胎发生数据集可通过编号 E-MTAB-6987 检索。 从 GEO 下载的人类成年红细胞和巨核细胞的 scRNA-seq 数据，编号为 GSE253355。 hg38 人类参考基因组可从 https://ftp.ensembl.org/pub/release-115/fasta/homo_sapiens/dna/Homo_sapiens.GRCh38.dna.primary_assembly.fa.gz 下载。 基因组注释文件可从 https://ftp.ensembl.org/pub/release-94/gtf/homo_sapiens/Homo_sapiens.GRCh38.94.gtf.gz 下载。 代码可用性 本研究中的数据使用自定义程序和软件包进行分析。本研究中使用的脚本已存放于 GitHub (https://github.com/ZhenyuXiaoLab/Code-of-Human-Early-embryonic-development)。 参考文献 Cui, L. 等. 人类胚胎卡耐基第 7 阶段的空间转录组特征. Nat. Cell Biol. 27, 360–369 (2025)。文章 CAS PubMed Google Scholar Tyser, R. C. V. 等. 脊椎动物人类胚胎的单细胞转录组特征. Nature 600 , 285–289 (2021)。文章 ADS CAS PubMed PubMed Central Google Scholar Xiao, Z. 等. 人类胚胎的 3D 重建. Cell 187, 2855–2874.e2819 (2024)。文章 CAS PubMed Google Scholar Luckett, W. P. 人类和猕猴胚胎中卵黄囊和外胚层间质的起源与分化. Am. J. Anat. 152, 59–97 (1978)。文章 CAS PubMed Google Scholar Palis, J. & Yoder, M. C. 卵黄囊造血：小鼠和人类的第一批血细胞. Exp. Hematol. 29 , 927–936 (2001)。文章 CAS PubMed Google Scholar Ross, C. & Boroviak, T. E. 在灵长类动物胚胎发生中卵黄囊的起源和功能. Nat. Commun. 11 , 3760 (2020)。文章 ADS PubMed PubMed Central Google Scholar Calvanese, V. & Mikkola, H. K. A. 人类造血干细胞的生成. Blood 142 , 519–532 (2023)。文章 CAS PubMed PubMed Central Google Scholar Farrell, J. A. 等. 斑马鱼胚胎发育轨迹的单细胞重建. Science 360 , eaar3131 (2018)。文章 PubMed PubMed Central Google Scholar Kretzschmar, J., Goodwin, K. & McDole, K. 小鼠胚胎中的组织者活性. Cells Dev. 184 , 204001 (2025)。文章 CAS PubMed PubMed Central Google Scholar Bae, S., Reid, C. D. & Kessler, D. S. Siamois 和 Twin 在斯佩曼组织者形成中的冗余性和必要性. Dev. Biol. 352 , 367–381 (2011)。文章 CAS PubMed PubMed Central Google Scholar Kumar, V., Park, S., Lee, U. & Kim, J. 组织者及其在胚胎发育中的信号传导. J. Dev. Biol. 9 , 47 (2021)。文章 CAS PubMed PubMed Central Google Scholar Martyn, I., Kanno, T. Y., Ruzo, A., Siggia, E. D. & Brivanlou, A. H. 通过 Wnt 和 Nodal 信号的结合自组织人类组织者. Nature 558 , 132–135 (2018)。文章 ADS CAS PubMed PubMed Central Google Scholar Kinder, S. J. 等. 小鼠胚胎的组织者由一动态的祖细胞群体构成，形成轴向中胚层. Development 128 , 3623–3634 (2001)。文章 CAS PubMed Google Scholar Martinez Arias, A. & Steventon, B. 组织者的性质和功能. Development 145 , dev159525 (2018)。文章 PubMed PubMed Central Google Scholar Manning, E. & Placzek, M. 轴向中胚层的组织活动. Curr. Top. Dev. Biol. 157 , 83–123 (2024)。文章 CAS PubMed Google Scholar Zhu, Q. 等. 解码小鼠、猴子和人类胚胎之间的前后轴的出现. Dev. Cell 58 , 63–79.e64 (2023)。文章 CAS PubMed Google Scholar Ginhoux, F. & Guilliams, M. 组织驻留巨噬细胞的来源与功能。