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揭示甘蔗杂交种中雌性还原机制

Nature2026年8月5日 00:00

数据可用性 美国56-14-4,10-9201,10-9208及其他六个F1杂交种的基因组装配及相应的基因注释结果、原始测序数据集已存放于中国科学院北京基因组研究所国家基因组数据中心的基因组序列档案(GSA)数据库中,存取号为PRJCA032574 (CRA020620和CRA022922)。LA Purple基因组可从中国国家中心生物信息(CNCB)基因组仓库获得,存取号为GWHHOJF00000000.1。LA Purple的原始测序fastq数据从CNCB生物项目存取号PRJCA039904获得。 代码可用性 分类嵌合序列并识别断点的算法KLASSIFY的代码可在GitHub上获得 https://github.com/tanghaibao/klassify(包括完整的仿真和评估脚本,具有确切的参数、随机种子和示例命令),该代码在Zenodo上归档,链接为https://doi.org/10.5281/zenodo.20838810(v0.1.6)。 参考文献 Bremer, G. 对甘蔗属一些种和种杂交种的细胞学研究。Genetica 5, 273–326 (1923)。 Bremer, G. 甘蔗的育种和细胞学中的问题。IV. 甘蔗种杂交中染色体数目增加的起源。Euphytica 10, 325–342 (1961b)。 OECD/FAO. OECD-FAO农业展望2025–2034 (OECD Publishing, 2025)。 Burr, G. O.等。甘蔗植物。Annu. Rev. Plant Physiol. 8, 275–308 (1957)。 D’Hont, A.等。通过分子细胞遗传学表征现代甘蔗栽培品种的双基因组结构(甘蔗属)。Mol. Gen. Genet. 250, 405–413 (1996)。 Piperidis, G., Piperidis, N. & D’Hont, A. 甘蔗中染色体组成和传递的分子细胞遗传学研究。Mol. Genet. Genomics 284, 65–73 (2010)。 D’Hont, A. 利用FISH和GISH揭示多倍体的基因组结构;甘蔗和香蕉的例子。Cytogenet. Genome Res. 109, 27–33 (2005)。 Price, S. 在甘蔗及相关属中的细胞学研究VII. S. officinarum在种内和种间交配中的母本染色体传递。Bot. Gaz. 122, 298–305 (1961)。 Bielig, L. M., Mariani, A. & Berding, N. 甘蔗中2n雄配子形成的细胞学研究,甘蔗属。Euphytica 133, 117–124 (2003)。 Narayanaswami, S. 在甘蔗中的巨孢子生成和三倍体的起源。Indian J. Agric. Sci. 10, 534–551 (1940)。 Zhang, J. 等。自倍体甘蔗自发种的等位基因定义基因组。Nat. Genet. 50, 1565–1573 (2018)。 Zhang, Q.等。对自倍体甘蔗自发种近期染色体减少的基因组见解。Nat. Genet. 54, 885–896 (2022)。 Healey, A. L.等。甘蔗的复杂多倍体基因组结构。Nature 628, 804–810 (2024)。 Bao, Y.等。现代栽培甘蔗杂交种的染色体规模基因组组装提供了起源与进化的见解。Nat. Commun. 15, 3041 (2024)。 Zhang, J.等。高效的自-异倍体现代甘蔗基因组及甘蔗中非常近期的异倍体化。Nat. Genet. 57, 242–253 (2025)。 Wang, J.等。多倍体基因组框架中甘蔗特征的遗传结构。Nature 654, 994–1003 (2026)。 Rhie, A., Walenz, B., Koren, S. & Phillippy, A. Merqury:无参考的质量、完整性和相位评估基因组组装。Genome Biol. 21, 245 (2020)。 Bretagnolle, F. & Thompson, J. D. 具有体细胞染色体数的配子:它们的形成机制及其在自倍体植物进化中的作用。New Phytol. 129, 1–22 (1995)。 Bremer, G. 甘蔗的育种和细胞学中的问题。II,甘蔗育种的细胞学观点。Euphytica 10, 121–258 (1961)。 Bremer, G. 甘蔗杂交种染色体数目增加与胚囊发育的关系。Bibliogr. Genet. 18, 99 (1959)。 Ramanna, M. S. & Jacobsen, E. 性别多倍体化在作物改良中的相关性。Euphytica 133, 3–8 (2003)。 Wijnker, E.等。拟南芥中减数交叉和基因转换的基因组格局。eLife 2, e01426 (2013)。 Choi, K.等。拟南芥减数交叉热点与基因启动子处的H2A.Z核小体重叠。Nat. Genet. 4

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