数据可用性 机器学习训练数据作为补充数据提供（‘tPAL_decoder’）。支持本研究结果的数据集可根据请求从通讯作者处获取。源数据随本文提供。代码可用性 用于肽解码的自定义机器学习代码及相应的训练数据包括在补充数据中（‘tPAL_decoder’）。参考文献 Restrepo-Pérez, L., Joo, C. 和 Dekker, C. 开启单分子蛋白质测序的道路。Nat. Nanotechnol. 13 , 786–796 (2018)。文章 ADS PubMed Google Scholar Dorey, A. 和 Howorka, S. 纳米孔 DNA 测序技术及其在单分子蛋白质组学中的应用。Nat. Chem. 16 , 314–334 (2024)。文章 PubMed Google Scholar Lu, C., Bonini, A., Viel, J. H. 和 Maglia, G. 使用纳米孔朝向单分子蛋白质测序。Nat. Biotechnol. 43 , 312–322 (2025)。文章 PubMed PubMed Central Google Scholar Aebersold, R. 和 Mann, M. 质谱研究蛋白质组结构和功能。Nature 537 , 347–355 (2016)。文章 ADS PubMed Google Scholar Gregorich, Z. R. 和 Ge, Y. 健康与疾病中的自上而下的蛋白质组学：挑战与机遇。Proteomics 14 , 1195–1210 (2014)。文章 PubMed PubMed Central Google Scholar Edman, P. 一种测定肽中氨基酸序列的方法。Arch. Biochem. 22 , 475 (1949)。PubMed Google Scholar Shuken, S. R. 一种基于质谱的蛋白质组学简介。J. Proteome Res. 22 , 2151–2171 (2023)。文章 PubMed Google Scholar Timp, W. 和 Timp, G. 超越质谱，蛋白质组学的下一步。Sci. Adv. 6 , eaax8978 (2020)。文章 ADS PubMed PubMed Central Google Scholar Alfaro, J. A. 等。单分子蛋白质测序技术的新兴前景。Nat. Methods 18 , 604–617 (2021)。文章 PubMed PubMed Central Google Scholar Zhao, Y. 等。通过识别隧道的氨基酸和肽的单分子光谱。Nat. Nanotechnol. 9 , 466–473 (2014)。文章 ADS PubMed PubMed Central Google Scholar Ohshiro, T. 等。使用电子隧道电流检测单肽中的翻译后修饰。Nat. Nanotechnol. 9 , 835–840 (2014)。文章 ADS PubMed Google Scholar Shrestha, P. 等。使用 DNA 纳米开关卡尺的单分子机械指纹。Nat. Nanotechnol. 16 , 1362–1370 (2021)。文章 ADS PubMed PubMed Central Google Scholar Zheng, L., Sun, Y., Hein, L. A., Eisenstein, M. 和 Hyongsok, T. S. 通过将肽反向翻译为 DNA 进行单分子肽测序。Nat. Biotechnol. https://doi.org/10.1038/s41587-026-03061-z (2026)。文章 PubMed PubMed Central Google Scholar Swaminathan, J. 等。在zeptomole级混合物中高度平行的单分子蛋白质鉴定。Nat. Biotechnol. 36 , 1076–1082 (2018)。文章 Google Scholar Reed, B. D. 等。通过集成半导体设备实现实时动态单分子蛋白质测序。Science 378 , 186–192 (2022)。文章 ADS PubMed Google Scholar Filius, M. 等。全长单分子蛋白质指纹分析。Nat. Nanotechnol. 19 , 652–659 (2024)。文章 ADS PubMed Google Scholar Püntener, S. 和 Rivera-Fuentes, P. 使用荧光闪烁指纹进行单分子肽鉴定。J. Am. Chem. Soc. 145 , 1441–1447 (2023)。文章 ADS PubMed PubMed Central Google Scholar Yan, S. 等。肽在分枝分枝分枝杆菌孔 A (MspA) 纳米孔中的单分子棘轮运动。Nano Lett. 21 , 6703–6710 (2021)。文章 ADS PubMed Google Scholar Brinkerhoff, H., Kang, A. S. W., Liu, J., Aksimentiev, A. 和 Dekker, C. 使用纳米孔以单氨基酸分辨率多次重读单个蛋白质。Science 374 , 1509–1513 (2021)。文章 ADS PubMed PubMed Central Google Scholar Motone, K. 等。对长蛋白质链的多次单分子纳米孔读取。Nature 633 , 662–669 (2024)。文章 ADS PubMed PubMed Central Google Scholar Luo, R. Y. 等。探索基于半导体芯片的单分子蛋白质测序以识别血红蛋白变体。Anal. Chem. 98 , 3458–3465 (2026)。文章 ADS PubMed Google Scholar Cherf, G. M. 等。以 5 Å 精度在纳米孔中实现 DNA 的自动前向和反向棘轮。Nat. Biotechnol. 30 , 344–348 (2012)。文章 PubMed PubMed Central Google Scholar Manrao, E. A. 等。使用突变的 MspA 纳米孔和 phi29 DNA 聚合酶以单核苷酸分辨率阅读 DNA。Nat. Biotechnol. 30 , 349–353 (2012)。文章 ADS PubMed PubMed Central Google Scholar Deamer, D., Akeson, M. 和 Branton, D. 三十年的纳米孔测序。Nat. Biotechnol. 34 , 518–524 (2016)。文章 ADS PubMed PubMed Central Google Scholar Garalde, D. R. 等。在阵列纳米孔上进行高度平行的直接 RNA 测序。Nat. Methods 15 , 201–206 (2018)。文章 PubMed Google Scholar Chen, Z. 等。控制的 ssDNA 结合肽通过分枝分枝分枝杆菌