特朗普关于疫苗的命令在周一迅速引发了激烈的反弹，各种公共卫生和医学组织以及独立专家称其为“危险的”、“不科学的”、“虚假和误导性的”、“如此错误的”，并表示这将“将儿童的健康置于风险之中”。这些反应并不奇怪；医学和健康界一直在对抗特朗普及其卫生部长罗伯特·F·肯尼迪（没有科学、医学或公共卫生背景）所推动的反疫苗、反科学议程。美国儿科学会称该命令“不仅令人沮丧而且危险”，正在对特朗普和肯尼迪下的联邦儿童疫苗推荐的先前变化提起诉讼。3月份，该组织与其他医学团体获得了一项临时禁令，推翻了大部分变更。然而，出人意料的是，在对特朗普命令的蔑视中，制药行业也立即表示反对。特朗普的行政命令为他所谓的“黄金标准”疫苗政策集中在减少儿童接种的疫苗数量。但是与这一目标相反的是，命令还要求将联合麻疹、腮腺炎和风疹（MMR）疫苗拆分为三种单独的针剂。MMR疫苗通常接种两剂，因此这一变化将意味着儿童要接种六针，而不是两针。更不切实际的是，麻疹、腮腺炎和风疹的单独疫苗在美国并不存在。为了使特朗普的命令得以实现，制药公司需要在开发、测试和推向市场全新疫苗上进行大量投资——而且他们必须在毫无科学依据的情况下完成这一切。目前的MMR联合疫苗基于几十年的使用数据，已被证明极为安全、有效且便利。在特朗普签署命令的数小时内，代表大型企业如GSK、赛诺菲、辉瑞、默克、强生以及诺和诺德的制药行业领先团体PhRMA发布声明称，该命令贬低了美国的疫苗政策。